Евгений Малкин дебютировал в регулярном чемпионате НХЛ 18 октября 2006 года в матче «Питтсбурга» с «Нью-Джерси». До этого он получил травму в предсезонной игре с «Филадельфией» и пропустил начало регулярного сезона.

В дебютной встрече Малкин забросил шайбу с передачи Марка Рекки в ворота Мартина Бродёра. В первых шести матчах за «Питтсбург» форвард неизменно отличался — такого результата среди новичков НХЛ в современную эпоху прежде не было. В январе он также отдал пять голевых передач в игре с «Торонто».

В сезоне-2006/07 Малкин выступал с Сидни Кросби и Джорданом Стаалом, а часть матчей провёл во втором звене с Рекки. «Питтсбург» вернулся в плей-офф после четырёх сезонов вне кубковой стадии; Малкин набрал там четыре результативные передачи, но команда выбыла в первом раунде.

По итогам сезона Малкин получил «Колдер Трофи» как лучший новичок НХЛ. Он занял первое место в голосовании у 120 из 143 участников, а его преимущество над ближайшим соперником превысило 400 очков.