В Курганской области зарегистрировали 118 озёрных месторождений сапропеля. Их донные отложения занимают 15 537,6 гектара, а геологические запасы оцениваются в 132 618 тысяч тонн. Сырьё используют в горнодобывающей промышленности, строительстве, медицине и сельском хозяйстве.

Кроме того, в регионе насчитывается 16 месторождений и водозаборных участков минеральных подземных вод. Крупнейшим считается Шадринское месторождение углекислых вод: по химическому составу они близки к источникам «Ессентуки-4» и «Ессентуки-17». На других участках добывают лечебно-столовую воду, сопоставимую по типу с минеральными водами Миргорода, Талицы и Джавы.