«Локомотив» занимает 14-е место и идёт вровень с 15-м «Ахматом», опережая его лишь по дополнительному показателю — одному голу. В прошлом сезоне команда стала третьей, но летом клуб продал трёх лидеров и не усилил состав. Нынешний спад может стать одним из самых болезненных в истории команды.

Среди тяжёлых эпизодов XXI века — провал в начале сезона после первого чемпионства: в 2003 году после 11 туров «Локо» был 13-м, а финишировал четвёртым. В 2005-м команда уступила венскому «Рапиду» в третьем отборочном раунде Лиги чемпионов, а в 2006-м после неудачного старта и серии из 18 матчей без поражений вылетела из Кубка УЕФА от бельгийского «Зюлте-Варегема» и упустила титул. В 2007-м клуб выиграл Кубок России, но занял седьмое место в чемпионате; тренер Анатолий Бышовец покинул команду после сезона, в котором расстался с Дмитрием Лоськовым и Вадимом Евсеевым.

В 2010 году «Локомотив» вылетел из Лиги Европы от швейцарской «Лозанны» по пенальти, в 2014-м дома проиграл кипрскому «Аполлону» 1:4 после ничьей 1:1 на выезде. Сезон-2016/17 команда завершила восьмой, несмотря на победу в Кубке России, а первые десять туров принесла ей лишь девять очков. Ещё один кризис последовал после прихода немецких руководителей в 2021 году: к октябрю 2022-го клуб, по оценке материала, был ближе к вылету, чем к чемпионству.