Юрий Семин отказался возглавить «Спартак» и продолжил работу в «Локомотиве», который вернул в Высшую лигу после вылета. Он считал уход неблагодарностью по отношению к железнодорожному министерству, а также верил в свою команду, несмотря на предложение Николая Старостина.

Семин возглавил клуб в 1986 году. В следующем сезоне «Локомотив» занял второе место в Первой лиге и поднялся в элитный дивизион. В 1989-м команда вновь вылетела, а для возвращения Семин привлёк пятерых футболистов «Жальгириса»: Иванаускаса, Нарбековаса, Юркуса, Янониса и Сукристова. По словам Иванаускаса, тренер обещал отпустить игроков в Австрию после выхода «Локо» в Высшую лигу; своё обещание он выполнил.

В 1990 году «Локомотив» дошёл до финала Кубка СССР, где уступил киевскому «Динамо» со счётом 1:6. За три дня до финала вратарь Вацловас Юркус получил травму в матче в Запорожье: по воспоминаниям защитника Игоря Чугайнова, соперник задел шипами кожу ниже подбородка голкипера. Команда уже использовала все замены, и Юркус вернулся в ворота после перевязки.

В том же сезоне клуб пригласил американского полузащитника Дэйла Малхолланда после одной просмотровой тренировки. Вратарь Хасанби Биджиев вспоминал, что заболевшему Малхолланду посоветовали выпить водку с перцем и солью; после этого тот потерял сознание. В чемпионате-1990 американец провёл восемь матчей.